Sau đó, Cơ quan cảnh sát điều tra Công an TPHCM vào cuộc khởi tố, bắt tạm giam Ngọc Trinh và đồng phạm. Tại cơ quan điều tra, Ngọc Trinh thừa nhận toàn bộ hành vi phạm tội như trên.
Qua truy xét, đến khoảng 11h30 ngày 20/9, Công an Hưng Yên phát hiện thi thể cháu T. tại ao cá thuộc trang trại của gia đình ông Nguyễn Xuân T. (62 tuổi, ở xã Mễ Sở, huyện Văn Giang, tỉnh Hưng Yên).
Ngay sau khi phát hiện, Công an tỉnh Hưng Yên phối hợp với Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Hưng Yên tiến hành khám nghiệm hiện trường, khám nghiệm tử thi, tổ chức điều tra, xác minh làm rõ.
Ngoài ra, Sông Đà 1.01 còn dính bê bối không trả đủ lương cho ông Lê Hà Phương – Giám đốc điều hành công ty – khiến ông này đơn phương chấm dứt hợp đồng trước thời hạn.
Kết quả điều tra xác định, Ban Duy tu đã đặt hàng Công ty Cây xanh 10 hợp đồng trị giá hơn 241 tỷ đồng; Công ty Sinh Thái Xanh 6 hợp đồng trị giá hơn 43 tỷ đồng.